L’Eglise Saint-Marc n’a pas une origine connue mais elle serait fort ancienne. La première église aurait été bâtie au IVe siècle et elle est citée dans la vie de saint Euverte au IXe siècle. Petite église située en pleine forêt, proche de la cité d’Orléans et de la Loire, elle se trouvait sur une voie de passage importante d’Est en Ouest.
En 1154, les chevaliers de Malte prennent possession de l’église qui sera ensuite propriété des Templiers. A la disparition de l’Ordre du Temple, elle revient au pouvoir de l’Ordre de Malte (Commanderie de Saint-Marc) jusqu’en 1791.
A diverses reprises, l’édifice sera fortement endommagé lors du passage des Normands, des attaques Anglaises pendant la guerre de 100 ans et des violences des armées protestantes pendant les guerres de Religion. Elle sera reconstruite à chaque fois. (En 1744, elle fût agrandie de deux bas-côtés puis en 1782 rallongée en arrière, sur l’emplacement du cimetière qui avait été transféré rue du Pressoir Neuf où il se trouve encore.)
Pendant la Révolution de 1789, elle échappe à la démolition et devient une simple chapelle. Désaffectée en 1793 elle servira d’écurie mais sera rendue au culte en 1799.
L’église a alors l’apparence d’une grange basse, humide et sombre et, malgré l’adjonction d’un clocher, nécessite de grands travaux de restauration. L’édifice sera finalement reconstruit entre 1884 et 1886 sous l’impulsion de l’Abbé Bernard Bozon (1829-1904), curé de la Paroisse Saint-Marc, pour aboutir à son aspect actuel.